A proclamação da República dos Estados Unidos do Brazil trouxe mudanças significativas na organização político-administrativa do País, transformações essas que influenciaram no surgimento da figura do procurador da República. A nova forma de governo exigiu uma reestruturação da administração pública. Nesse contexto, cria-se a Justiça Federal, por meio do Decreto 848, de 11 de outubro de 1890, e posteriormente ratificada na Constituição de 1891.

O capítulo VI do decreto, editado pelo governo provisório, é dedicado ao Ministério Público composto pelo Procurador-Geral da República e Procuradores da República:

Esse decreto já dava as primeiras diretrizes das funções dos procuradores da República:

Não houve mudança na forma de atuação do Parquet com a República. O Ministério Público permaneceu na defesa dos interesses da União e da Fazenda Pública e ligado ao Poder Executivo ou ao Judiciário. Hoje o Ministério Público é instituição permanente, essencial à função jurisdicional do Estado, cuja atribuição é defender a ordem jurídica, o regime democrático e os interesses sociais e individuais indisponíveis, segundo dispõe a Constituição Federal de 1988.

Tem-se, então, desde o início da República, o procurador da República no Distrito Federal, na época, no Rio de Janeiro. O Decreto 848 e a Lei 221, de 20 de novembro de 1894 – que completa a organização da Justiça Federal – não traziam a definição da carreira como ocorre hoje, dividida em procurador da República, procurador regional da República e subprocurador-geral da República, nem suas áreas de atuação. Pelas normas legais do final do século XIX os procuradores podiam atuar perante o Supremo Tribunal Federal, hoje competência do Procurador-Geral da República:

A Procuradoria da República no Distrito Federal, portanto, inicia suas atividades nos primeiros anos da República, não na forma de estrutura administrativa do Ministério Público Federal, mas na figura do procurador da República. A lotação dos procuradores era junto com a Procuradoria-Geral da República. A separação das duas unidades do Ministério Público Federal ocorre somente após a mudança da Capital Federal para Brasília.

O desenvolvimento da administração pública e da atividade jurisdicional levou a uma estruturação das unidades do Ministério Público Federal. O Decerto 9.957, de 21 de dezembro de 1912, disciplinava a organização da Procuradoria da República no Distrito Federal:

Esse decreto dispunha sobre as atribuições do Procurador-Chefe da PR/DF (o mais antigo), sobre vencimentos, licenças, direitos, garantia e perda das funções dos membros e dos funcionários, bem como as atribuições de cada integrante da Casa.

Em Brasília, a primeira sede da PR/DF foi no segundo andar do Ministério da Saúde, no período de 1961 a 1982. Neste último ano, a Procuradoria da República se muda, juntamente com a Procuradoria Geral da República, para o prédio da Quadra 603/604 da L2 Sul. Porém, A PR/DF foi transferida para o Setor de Autarquias Sul, Quadra 5, onde hoje fica a Procuradoria Regional da República da 1ª Região, em 1993. Dez anos depois, em 2003, a Procuradoria da República volta a ocupar o prédio da L2 Sul, dividindo o espaço com a Escola Superior do Ministério Público da União (ESMPU).